O Ναός μας είναι αφιερωμένος στον Άγιο Θεράποντα, τον επίσκοπο Κύπρου. Καταγόταν από τα ευλογημένα χώματα της Ανατολής. Βασική επιδίωξη και διακαής πόθος του ήταν να αρέσει στο Θεό, να μην ντροπιάσει ποτέ τη Χριστιανική του ιδιότητα και να κηρύττει ανά πάσα στιγμή το Λόγο του Θεού. Ο λαός εκτιμώντας τον αποστολικό του ζήλο, τον εξέλεξε επίσκοπο Σάρδεων της Μικράς Ασίας. Επί εικονομαχίας, οι πολέμιοι των ιερών εικόνων συλλαμβάνουν τον εικονόφιλο επίσκοπο Θεράποντα, τον βασανίζουν ανηλεώς και τον εξορίζουν. Ο Άγιος επισκέπτεται τα Ιεροσόλυμα, πραγματοποιώντας μια βαθιά του επιθυμία να προσκυνήσει τον Πανάγιο Τάφο και τα άλλα προσκυνήματα. Μετά από κάποιο θαύμα που έκαμε ο Άγιος – ανάστησε το νεκρό γιο μιας Εβραίας – φεύγει στην Κύπρο και τοποθετείται εκεί επίσκοπος. Το 632 μ.Χ. σε μια επιδρομή των Αράβων τον κατάσφαξαν πάνω στην Αγία Τράπεζα την ώρα που λειτουργούσε!

Ο Ναός μας είναι ο μεγαλύτερος του νησιού μας και αποτελεί κράμα Βυζαντινού και Γοτθικού ρυθμού με στοιχεία Μπαρόκ. Στη θέση του υπήρχε από το 17ο αιώνα ένα μικρό παρεκκλήσι αφιερωμένο στον Άγιο, που εξυπηρετούσε τις λειτουργικές ανάγκες των αρρώστων του “Ξενοδοχειού”, του μοναδικού τότε Φιλανθρωπικού Ιδρύματος, στο οποίο νοσηλεύονταν οι άρρωστοι, έβρισκαν στοργή οι ηλικιωμένοι και στέγη οι άστεγοι και οι ταξιδιώτες. Σύμφωνα με τις υπάρχουσες πηγές ο πρώτος Ναός χτίστηκε πάνω στα ερείπια αρχαίου οικοδομήματος, που πιθανότητα να ήταν ο ναός του θεού Απόλλωνα ή η σχολή της ποιήτριας Σαπφώς.

Ο σημερινός Ναός άρχισε να χτίζεται στα χρόνια της Τουρκοκρατίας! Οι εργασίες ξεκίνησαν το 1850 επί Μητροπολίτου Μυτιλήνης Καλλινίκου Κυπαρίσση, και εγκαινιάστηκε πολύ αργότερα το 1935 επί Μητροπολίτου Μυτιλήνης Ιακώβου του Α΄. Αρχιτέκτονας ήταν ο διαπρεπής Μυτιληνιός Αργύριος Κων. Αδαλής, μαθητής των δύο Γερμανών αρχιτεκτόνων του Θεόφιλου Χάνσεν και του Ερνέστου Τσίλλερ. Το τέμπλο και τα υπόλοιπα ξυλόγλυπτα φιλοτεχνήθηκαν το 1915 από το Δημήτριο Κόβαλα. Οι εικόνες του τέμπλου είναι έργο της αδελφότητας Ιωασαφαίων Αγίου Όρους και οι υπόλοιπες τοιχογραφίες του Βασιλείου Δαδάκη από την Ανδριανούπολη. Eντός του Ναού στη μαρμάρινη σαρκοφάγο βρίσκεται το λείψανο του Μητροπολίτη Ουγγροβλαχίας Ιγνατίου του Λεσβίου (1766-1828), αγωνιστή Ιεράρχη στα χρόνια της Τουρκοκρατίας.

Ο Ιερός Ναός του Αγίου Θεράποντα ανακαινίστηκε τα τελευταία χρόνια επί Μητροπολίτου Μυτιλήνης Ιακώβου του Γ'.